2008年全国爱国卫生工作的指导思想是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，认真贯彻党的十七大精神，全面落实科学发展观，紧紧围绕全面建设小康社会、构建社会主义和谐社会和建设社会主义新农村的战略目标和任务，抓住机遇、统一思想，振奋精神，进一步推动爱国卫生运动深入持久地开展。

    一、进一步推进农村爱国卫生工作
    贯彻落实全国农村爱国卫生工作暨爱国卫生运动55周年现场会会议精神，结合社会主义新农村建设，进一步把爱国卫生工作的重点放到农村，推动农村爱国卫生工作再上新台阶。
    组织农村爱国卫生综合调研，了解各地有关部门开展农村爱国卫生各项工作基本情况和项目执行能力，加强对策研究，加快农村饮用水卫生安全和改厕工作步伐。
    建立农村饮用水与环境卫生部门间合作平台，确定防病改水病区范围，督促有关部门将其纳入“十一五”农村饮水安全规划。编制农村饮水安全工程建设卫生学评价技术规范和操作规程，指导各地有效开展评价工作。完善农村饮用水水质卫生监测体系，建立评价、监测、报告和通报制度。
    实施2007年中央补助地方农村改水改厕项目，推广分区域改厕模式和经验，开展项目中期督导和终期评估验收。总结血防地区农村改厕经验，对血防省份中央补助地方农村改厕项目执行情况进行效益评价。在重点地区进行粪便无害化监测，试点开展粪便无害化后处理技术研究。
    开展农村环境卫生综合整治行动，培植、树立先进典型，与国际组织合作开展2008年国际环境卫生年相关活动。探索建立农村环境健康危害因素监测网络，研究开展环境污染物与健康危害风险评价和农村环境健康危害控制工作。加强农村健康教育工作，广泛开展农村人畜共患病和饮水卫生宣传教育活动。

    二、稳步推动卫生创建活动
    修订《国家卫生城市标准》、《国家卫生区标准》、《国家卫生城市考核鉴定和监督管理办法》和《国家卫生镇(县城)考核命名和监督管理办法》，规范评审工作。进一步做好对申报城市、区、县城、镇的评审工作，继续对命名满3年的国家卫生城市、区、县城、镇进行复审，加强对国家卫生城市、区、县城、镇的日常管理。
    各省、自治区、直辖市爱卫办要做好国家卫生城市、区、县城、镇的推荐上报工作，并加强日常监督和管理工作。继续开展创建卫生先进单位和卫生村活动，促进基层爱国卫生运动广泛开展。
    开展建设健康城市、区、镇活动，加强调研和指导。建立健康城市、区、镇的指标体系和评价体系。
    以爱国卫生月为契机，组织开展“清洁家园，健康奥运”系列活动，特别是奥运承办城市和全国主要旅游城市，要通过宣传、技术服务、督导等多种形式，以良好的氛围、卫生的环境，文明的行为，为保障健康奥运做出贡献。

    三、切实加强病媒生物防制工作
    加快病媒生物防制工作的立法步伐，制定《病媒生物防制管理办法》。编印病媒生物防制培训资料，进一步加强对奥运承办城市和全国主要旅游城市病媒生物防制工作的培训、调研和督导，选择有条件的地区开展农村病媒生物防制试点工作。继续支持病媒生物防制技术标准的研究制定和宣传推广。加强对病媒生物防制行业的管理、指导和服务。

    四、改善农民工生产生活环境，提高健康保障水平
    加强农民工居住较集中的城中村、城乡结合部、建筑工地等的环境治理和病媒防制工作，改善卫生基础设施和饮食卫生条件。重视加强农民工及其子女的健康教育，培养他们养成良好的卫生习惯，提高文明卫生意识和自我保健能力。

    五、加强人力资源建设和国际合作
    编印爱国卫生工作文件汇编、爱国卫生工作管理培训教材、病媒生物防制指南系列丛书，举办爱国卫生管理、卫生创建、健康城市、病媒生物防制、农村饮水安全工程卫生学评价和水质监测技术等各类培训班，建立和完善国家卫生城市和健康城市专家库，召开相关工作现场经验交流会，加强爱国卫生系统能力建设。同时，加强国际交流与合作，组织实施好国际合作项目。