截止2006年底，全国（不包括西藏自治区）农村改水受益率为91.06%，农村自来水普及率为61.14%；卫生厕所普及率为54.95%，无害化卫生厕所普及率为32.31%。与2005年底相比，全国农村自来水普及率下降0.18%，农村改水累计受益率下降2.04%，无害化卫生厕所普及率增加1.36%，卫生厕所普及率下降0.36%。农村自来水普及率高于全国平均数的有上海、北京、江苏、天津、浙江、新疆生产建设兵团、河北、山西、山东、福建、青海、广东、重庆、新疆（排序由高到低）；农村自来水普及率低于全国平均数的有内蒙古、陕西、安徽、宁夏、四川、甘肃、江西、广西、吉林、河南、贵州、辽宁、湖北、湖南、云南、海南、黑龙江（排序由低到高）。农村卫生厕所普及率高于全国平均数的有上海、天津、浙江、广东、山东、湖北、吉林、河南、北京、江西、福建、黑龙江、江苏、安徽（排序由高到低）；农村卫生厕所普及率低于全国平均数的有新疆生产建设兵团、贵州、内蒙古、宁夏、陕西、四川、新疆、重庆、广西、河北、山西、海南、云南、辽宁、青海、甘肃、湖南（排序由低到高）。
    由于统计方法改变，2006年改水改厕统计指标的内容有所变化。2006年各地统计部门重新确定农村人口基数，很多省份农村人口数和农村户数有所增加，全国农村人口总数由2005年的94488.54万人增加到95131.32万人，农村总户数由24843.16万户增加到25248.60万户。统计过程中，很多省份将以前列入自来水普及率受益人口的县城区内饮用自来水的人口剔除，有些省份为了与水利部门数据靠近,将供水量规模小的集中供水人口从受益人口中剔除， 导致自来水普及率比2005年降低。2006年全国爱卫办对改厕统计表进行了修订，将无害化卫生厕所普及率进行单独统计，对卫生厕所类型中的“其他类型”进行了严格规范，要求必须按照2004年实施的《农村户厕卫生标准》进行统计，因此2006年改厕统计中“其他类型”降低明显，并导致卫生厕所普及率总体比2005年下降。在无害化卫生厕所类型中，三联沼气池式、粪尿分集式、完整下水道水冲式户数增加，三格、双瓮式略有降低，双坑交替式作为一种单独类型列入无害化卫生厕所中，总体上无害化卫生厕所普及率比2005年有所增加。
    从统计指标结果可以看出，目前全国农村改水改厕形势仍然严峻，仍有17个省份农村自来水普及率、17个省份卫生厕所普及率低于全国平均水平，而且改水改厕进度不平衡，东西部差距继续加大，贫困地区的农村改水改厕工作任务艰巨。全国仍有8500多万农村人口饮水条件没有得到改善，还有8600万农村人口仍在饮用仅做了初级改进后的水，水质亟待提高。全国无害化卫生厕所普及率还不到33%。除上海、天津等个别省市外，各地无害化卫生厕所普及率普遍偏低，尤其是大部分西部和北方省份无害化卫生厕所普及率在10%以下。
    全国爱卫办要求各地进一步提高改水改厕统计工作质量，把2006年农村改水改厕指标作为新的起点，重新调整有关计划指标，合理规划，有步骤、有重点地推进农村改水改厕工作。