在国务院的领导下，卫生部制订了《全国救灾防病预案》，组建了10支国家级救灾防病医疗与卫生防疫应急队伍，每年召集气象、地震、减灾等领域的专家预测灾情，印发救灾防病工作的通知并提出明确的工作要求，指导各地开展救灾防病工作。各地卫生部门在当地政府的统一领导下，编制救灾防病预案，组建医疗救援队在灾时及时对受伤人员进行现场救治，并根据伤情轻重缓急做好分类救治与转院工作，同时为灾区居民提供基本疾病预防治疗服务。2006年，我国南方部分省份连续遭受洪涝灾害，据不完全统计，截至2006年7月23日，福建、江西、广东、广西、贵州、重庆和湖南七省（区、市）卫生部门已派出医疗救援队4879支、人员48492人次，救治伤员175118人。

    为做好灾区卫生防疫工作，卫生部在《全国救灾防病预案》中明确了卫生防疫的技术方案，明确了灾区开展环境的消毒、杀虫、灭鼠工作，防治饮水水源污染，加强食品卫生监管，积极进行传染病等卫生科学知识宣传教育等方面的要求。在卫生部重点指导各地卫生部门根据当地实际情况落实灾区卫生防疫相关技术方案的同时，灾区卫生部门根据有关工作的要求和专家建议，实施了预防性给药或疫苗接种；积极开展了灾区环境的消、杀、灭工作；采取了清理环境减少污染源、集中式供水水源保护、合理选择水源、饮用水应急处理和饮用水消毒等措施做好饮用水卫生；加强了食品卫生监督与管理和宣传工作，对集中生产、集中运送和集中分发的食物严把质量关；根据当地疾病流行的实际情况和可能存在的危害，通过宣传手册、画报等形式，积极向灾区群众宣传普及传染病防控知识，帮助灾区群众树立救灾中的防病意识，对受到灾情创伤的群众进行心理咨询，指导灾区群众预防疾病和健康促进行为，提高个人和群体的疾病预防能力。据不完全统计，截至2006年7月23日，福建、江西、广东、广西、贵州、重庆和湖南七省（区、市）卫生部门共发放消杀灭药品3229.95万元、器械1398.61万元，消毒面积达5891.48万平方米，发放各类宣传资料390.65万份。目前，各灾区无重大疫情发生。