自1999年召开全国农村改厕工作会议以来，全国农村改厕工作呈现蓬勃发展态势，到2000年底全国农村卫生厕所普及率为44.85%，完成了“九五”末达到40%的目标。随着卫生厕所数量的增加，各地对卫生厕所的建造质量、卫生标准和管理使用提出了更高的要求。全国爱卫办在2000年召开全国农村改厕技术研讨会的基础上，因势利导，指引农村改厕工作逐步走上科学化、规范化、标准化管理轨道。

    2001年农村卫生厕所在类型开发上有了新的进展，经过3年的试点实践，粪尿分集式生态卫生厕所在我国的使用已逐渐成熟，由全国爱卫办与中国预防医学科学院合作，在首届国际生态卫生大会上发表的论文：“粪尿分集生态卫生厕所在中国的实践、问题和对策”指出，该型厕所具有可使粪便就地无害化，防蝇、无臭、不污染外环境，节水，可回收尿肥、粪肥，有利于生态农业的特点，因此受到广大群众的欢迎。目前推广范围已经扩展到全国十多个省份，建厕数万座。此外，三联通、四联通沼气池式卫生厕所，在经过多年的不断改进，已具有了产气多、自动出渣、不易损坏、管理方便的特点，得到了农业部门和卫生部门的大力推广；西北的阁楼式厕所、东北的深坑防冻式厕所，在当地有广泛的群众基础，经过技术人员对其结构进行改造，现已经专家组鉴定认可为卫生厕所。卫生厕所类型的增加为广大农村改厕工作提供了更多的选择余地。

    由预防医学科学院环境卫生研究所承担的课题研究《农村户厕卫生标准》于2001年下半年通过了专家组鉴定，该标准明确阐述了卫生厕所概念，卫生技术要求，检验方法，并强调了卫生管理要求和监督监测工作，现已上报主管部门申请成为国家标准。农村改厕标准化的另一举措是对沿用5年的农村改厕统计报表进行了修订。在广泛征求全国各省区和有关专家意见基础上，报表对粪便无害化统计标准作了重新定义，卫生厕所分类增加了几种新的类型，对“其它”一项进行了严格界定，同时增加了对资金投入的统计。全国爱卫办已发文要求各地严格按照新的统计报表要求上报数据，保证统计信息的准确性。

    随着农村改厕的深入开展，技术指导的规范化显得日益重要。为此，一方面由全国爱卫办组织编写组，开始起草《中国农村卫生厕所建造技术》一书，力图对各类农村卫生户厕、公厕、厕屋、便器等进行全面介绍；另一方面结合各地防保体制改革，将农村改厕工作列入全国疾病预防控制工作规范，使农村改厕技术指导工作成为各级疾病预防控制技术人员的一项职责，从机构、人员各方面保证了改厕技术指导工作的顺利开展。

    经过多年努力，农村改厕已从单一化向多样化发展，技术标准日益成熟，管理模式不断完善，已取得了显著的健康效益和社会效益。